Vznik letounu se odvíjel od zkušeností s typy L-39 a L-59.Samotný vývoj začal v roce 1994.Prototyp byl představen 12.června 1997.První let se konal 2.srpnatéhoš roku.První prototyp L-159 byl postaven jako dvoumístný-jednalo se o modifikaci trupu letounu L-59.Další typy byly již jednomístné.Následně začal vývoj varianty B,která je dvoumístná a má sloužit jako jako cvičný letoun.
